Mezi tématy výzkumných projektů, na které v příštích třech letech přispěje MZe z Programu ZEMĚ II téměř čtvrt miliardy korun, je například uhlíkové zemědělství či bezpečnost potravin. Podpoří například výzkum výskytu škodlivých chemických sloučenin v mase ryb chovaných a lovených v ČR, výzkum výskytu a reziduí pesticidů ve vodách nebo výzkum nástrojů pro rentabilní a udržitelnou produkci osiv minoritních plodin a zelenin (například jeteloviny, len, kmín, mrkev a rajčata).

Ve veřejné soutěži byl také vybrán projekt, který se bude zabývat vývojem sofistikovaného chovu cenných druhů ryb v rybnících v kombinaci s efektivním využitím odpadních látek a nízkou potřebou přítokové vody, či výzkum pro stanovení procentuálního zastoupení jednotlivých složek živočišného původu v mletém mase a masných polotovarech.

Podpora MZe směřuje také na vyvinutí a zavedení metodiky na testování a hodnocení úrovně rezistence odrůd cukrové řepy k virovým žloutenkám nebo výzkum vlivu lesní cestní sítě na odtok vody z lesů v měnících se klimatických podmínkách.