První fáze: Startovací období (2005-2007)

V první fázi šlo především o testovací provoz. Byla nastavena pravidla a spuštěn monitoring emisí podobně jako dnes u nového systému ETS 2. Hlavním cílem bylo získat přehled o objemu emisí, avšak žádné konkrétní závazky ke snižování CO2 nebyly stanoveny. Už tehdy se ukázalo, že systém naráží na problémy s nadměrným přidělováním povolenek, což vedlo k jejich nízké ceně a omezenému vlivu na snížení emisí.

Druhá fáze: Obchodování a první cíle (2008-2012)

Od roku 2008 se systém stal plně funkčním a povolenky se staly obchodovatelnými. Evropská unie si stanovila cíl snížení emisí o 8 % oproti roku 2005. Avšak v praxi se ukázalo, že velké podniky měly možnost povolenky získat levně nebo je přenášet na konečné spotřebitele, což vedlo k rostoucím cenám energií bez skutečného environmentálního přínosu.