Podporu budou moct čerpat obce a další provozovatelé infrastruktury z řad veřejnoprávních subjektů, které leží uvnitř či v blízkosti CHKO Moravský kras a CHKO Český kras. Prostředky bude možné využít na modernizaci a intenzifikaci stávajících čistíren odpadních vod i na samotné vybudování oddílné kanalizace a čistíren odpadních vod, čímž se zajistí účinnější ochrana těchto unikátních území.