Modernizační fond je financován především z výnosů z emisních povolenek. Objem prostředků, který bude mít Česká republika skutečně k dispozici, se proto odvíjí od jejich ceny na trhu. Aktuální odhad celkových prostředků fondu pro období 2021–2030 činí přibližně 384 miliard korun. Ministerstvo životního prostředí (MŽP) společně se Státním fondem životního prostředí ČR (SFŽP) proto průběžně upravují finanční rámec jednotlivých programů tak, aby odpovídal reálně dostupným příjmům a prioritám české energetické transformace.