V roce 2025 bylo v Jihočeském kraji zásobováno pitnou vodou z vodovodů pro veřejnou potřebu více než 593.000 lidí. Mezi kraji to byla třetí nejnižší hodnota, což je kvůli nízké rozdrobenosti osídlení. Počet vodovodních přípojek přesáhl 163.000.

Vodohospodářská zařízení loni vyrobila 36,1 milionu metrů krychlových pitné vody, což je meziročně o 1,9 milionu metrů krychlových pitné vody více. Množství vody fakturované domácnostem na jihu Čech dosáhlo 81,8 litru na osobu na den a bylo mezi kraji třetí nejnižší. Republikový průměr dosáhl hodnoty 89,7 litru. Největší spotřebu vody vykázaly domácnosti v Praze, naopak nejméně vody spotřebovaly domácnosti ve Zlínském kraji.

V domech napojených kanalizaci loni žilo 554.600 Jihočechů, což je 85 procent obyvatel kraje. Na kanalizační síť napojenou na čistírny odpadních vod bylo 518.100 lidí v kraji. Délka kanalizace loni dosáhla 4098 kilometrů a měla 142.700 přípojek.

V roce 2025 bylo v Jihočeském kraji v provozu 465 čistíren odpadních vod (ČOV), což řadilo kraj na druhou příčku za střední Čechy. Celková kapacita činila 401.800 metrů krychlových denně. Objem kalů vyprodukovaných provozem ČOV činil 9200 tun sušiny. Nejčastěji se kaly zneškodňovaly pomocí rekultivace a kompostováním.